随着新风系统使用时间的延长，各种常见问题都会显现出来。通过新风系统的风速能有效地预知一些问题，例如风管积尘、管路密封性能下降等。在新风系统的使用过程中，需要专业人员对系统进行定期的检查，并调节风量，保证新风系统的正常运行效果。新风系统主机的连线也是在维修与保养中要注意的，主机连线中隐藏的安全隐患不容忽视：电源连线的长时间使用，会使得连线松动老化，而易产生火灾等问题。新风系统的主机连线要定期进行检查，如出现老化或松动情况，要及时处理，以免带来不可预料的后果。
过滤网的清洗：拆卸空调过滤网时注意不要碰到室内机组的金属部分，防止刮伤，拆下空气过滤网后轻轻拍弹或使用电动吸尘器除尘。如果过滤网积尘过多，则可用水或中性洗涤剂清洗，但不得用50℃以上的热水清洗（视材料而定），以免变形，也不要用海绵清洁，否则会损坏过滤网表面。用清水冲洗干净后，放阴凉处吹干，千万不要在阳光下暴晒或在火炉旁烘干，因为那样可能会引起过滤网变形。
新风系统与其他的家电不同，需要全天候24小时运行以保证良好的净化过滤效果。由于其长期处于运转状态，吸收空气中灰尘微粒较多，中央空调水循环系统消毒水处理，在长时间的送回风的情况下，即使有滤网的存在，时间长了也会积满灰尘和污垢，以致影响新风系统的正常运行，同时也会影响热交换的效果，严重的会降低新风机的使用寿命，定期做好新风系统的清洗维护很有必要。无管道新风系统可以忽略这一步，管道式新风在使用过程中，始终保持在通风状态的话，管道内很少会聚集灰尘。
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