这是应用广泛的方法，几乎所有包装材料都可用此方法处理。用热浸泡或喷雾，然后加热，使残留在包装材料表面的挥发和分解。加热本身亦有抑菌作用，不同的设备加热方式不同，但一般多为无菌热空气加热。典型的系统有瑞典乐公司的无菌填充系统、国际纸业的无菌填充系统、德国PKL公司的Combiloe无菌填充系统等，即采用低浓度溶液，加上高强度的紫外线辐射灭菌处理，从而取得良好的灭菌效果，它比用结合加热处理的灭菌效力更显著。这种灭菌方法只需在常温下施行就可产生立即的灭菌效果。用等药剂灭菌的要求，是保证物品残留应低于规定的要求。
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食品动态消毒机独立的空气净化消毒装置，有柜式、壁挂式、顶棚式等多种形式。一台2000风量的空气动态消毒机在空间的室内开启60min，可以达到消毒要求。这种消毒器本身无毒无害，可以在有人情况下连续使用，有效避免空气中细菌二次污染食品。等离子体弥漫技术采用将等离子体弥漫到空气中的方式，分解空气中的气态污染物、有害细菌、病毒等，对处理异味效果也非常明显。主要是配到新风系统或层流净化管道配套使用，板式杀菌设备工作原理，控制管道系统自身的二次污染，杀灭新回风中的微生物。
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大多数化学药剂在低浓度下起抑菌作用，高浓度下起杀菌作用。常用5%、70%乙醇和乙二醇等。化学灭菌剂必须有挥发性，以便清除灭菌后材料上残余的。化学灭菌常用的试剂有表面、抗代谢、生物素是一类有微生物或其他生物生命活动过程中的合成的次生代谢产物或人工衍生物，他们在很低浓度时就能抑制或它种生物（包括病原菌，病毒）的生命活动，因而可用作优良的化学剂。
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